《古墓丽影（2013）》新增了升级系统。游戏中的升级系统包括技能和武器与装备。
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技能升级
经验值提示，盾形填满时即积满一个技能点。
游戏中的技能升级需要劳拉获得经验值（XP），积累出技能点后才可在营地购买技能。XP以及技能点的状况显示在盾牌形的提示中。
经验值获取
XP的获得途径主要是完成游戏指定任务，或者狩猎和杀敌，但还有一些隐藏的XP获取方式或者额外的XP奖励，包括：
- 完成支线古墓。
- 检视找到的遗物。
- 进行以及完成挑战项目。
- 收集物品，包括特殊植物、红色储物箱、隐含物品（文件、遗物、定位秘宝）等。
- 特殊杀敌，包括爆头、暗杀等等，获得相应技能后也可得到相应的杀敌奖励。
示例：
- 图1：找到的物品旁如果有放大镜的标志，即可旋转该物品以寻找隐藏讯息，可获得少量经验值奖励。
- 图2：游戏中为玩家准备了大量的挑战项目，要求找到隐藏物并摧毁它们，玩家可以此获得经验值，一项挑战全部完成后还可得到额外的经验值奖励。但是挑战项目在地图上没有标注，有些也非常隐蔽，可启用求生本能寻找。
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图1（放大镜）
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图2（挑战项目）
可解锁的技能
技能分为三个分支：
- 生还者（Survivor）：这个分支的技能帮助劳拉加强求生本能以及地图显示效果，以便寻找特殊物品以及隐藏墓穴。此外，还可允许劳拉获取额外的经验值以及残料。建议早期先考虑解锁这一分支的技能，从而加快经验值和残料的积累速度以帮助劳拉进行升级。
- 猎人（Hunter）：加强劳拉在射击和弹药携带上的能力，并可获得特殊杀敌方式以得到额外奖励。
- 斗士（Brawler）：主要是徒手格斗技能。但务必注意：获取闪避反击技能后不要急于进一步升级！在游戏成就中，有一项“老练的冒险家”要求玩家通过闪避反击瘫痪25名敌人，完成这项成就后再解锁闪避杀敌和精通闪避杀敌较为保险——虽然即使升级到“闪避杀敌”仍然可以通过提早按键而让劳拉去刺敌人的膝盖，但那多少会加大你解锁这一成就的难度。
示例：
- 图1：闪避反击让劳拉学会闪躲敌人攻击后用箭刺穿敌人膝盖以瘫痪对方，如此25次，可解锁相应成就。过早解锁下一步的闪避杀敌和精通闪避杀敌可能会加大你获取该成就的难度。
- 图2：这一分支中，获取闪避反击成就后再继续升级为好。
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图1
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图2
武器升级
武器升级要求玩家获得残料（Salvage）以及相应的武器部件。
残料
残料可以通过搜刮木箱（有些被悬挂的木箱需要后期取得打火石或者火箭才可获得）和金属箱（包括野外地面上的箱子以及基地中的金属储物箱，需要获得攀爬斧后方可撬开）取得，获取的残料数将在屏幕右上角显示。武器升级所要求的残料数不一，当收集的残料达到升级某个项目的要求时，屏幕上会有提示。
除了箱子外，还可通过搜刮敌人和动物的尸体获得残料，或允许玩家在获取残料时得到更多的数额，但要求先解锁“生还者”分支中的相应技能。
部件
游戏中劳拉还能得到物品配件，以便进行武器的升级。其中一些藏在残料箱里，有些在搜掠敌人尸体时获取，但手枪的三个部件都需要在非主线墓穴中获得。
部件的取得地点并非固定，有一定的随机性，但大致出现的时机不会差太多。其中弓和霰弹枪的部件比较特殊，有些需要从敌人身上获取。假如之前没有搜尸又不小心读取战斗结束的存档，遇上尸体被刷掉了而且该区域没有残料箱又或者该区域无法重返的情况，玩家就无法在这个区域获得升级部件了。但在之后的流程里从被打倒的强力敌兵或者残料箱中仍然能够取得。一个大区域内砸箱和搜尸后获取残料的顺序一般是固定的，先是剧情里弓箭和霰弹枪遗漏掉的这1~4个，然后才轮到该地图本来应该出现的种类和数量。
不过在船难海滩剧情中强制把弓箭升级为复合弓以后，如果携带的弓部件小于等于二个（也就是在获得复合弓之前没有将临时长弓升级到反曲弓）会被清零，通过残料箱和搜掠敌人也无法刷出来，原来有三个的话只会留下一个。即反曲弓的两个升级部件不会保留到让玩家用来升级复合弓。
| 物品 | 所在地 | 备注 |
|---|---|---|
| 弓部件1 | 基地外部（Base Exterior） | 打倒第一个持盾牌的敌人后从其身上获得 |
| 弓部件2 | 山中村落（Mountain Village） | 救援飞机坠毁、与船长见面后于残料箱内获得 |
| 弓部件3 | 峡谷寺院（Chasm Monastery） | 打坏柱子后出现的敌人身上获得 |
| 弓部件4 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 剧情中取得复合弓后于残料箱内获得 |
| 弓部件5 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 从坚忍号返回后于残料箱内获得 |
| 手枪部件1 | 山中村落（Mountain Village） | 完成支线墓穴登基大殿 |
| 手枪部件2 | 贫民窟（Shanty Town） | 完成支线墓穴审判密室 |
| 手枪部件3 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 完成支线墓穴侍女的庙宇 |
| 步枪部件1 | 山中村落（Mountain Village） | 救援飞机坠毁、与船长见面后于残料箱内获得 |
| 步枪部件2 | 山中村落（Mountain Village） | 救援飞机坠毁、与船长见面后于残料箱内获得 |
| 步枪部件3 | 贫民窟（Shanty Town） | 第一场战斗后于残料箱内获得 |
| 步枪部件4 | 贫民窟（Shanty Town） | 取得打火机后于残料箱内获得[2] |
| 步枪部件5 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 残料箱内获得 |
| 步枪部件6 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 剧情中取得复合弓后于残料箱内获得 |
| 霰弹枪部件1 | 山中村落（Mountain Village） | 与珊曼莎通话后从坠毁的救援飞机旁的敌人身上取得 |
| 霰弹枪部件2 | 贫民窟（Shanty Town） | 残料箱内获得 |
| 霰弹枪部件3 | 索拉瑞的堡垒（Solarii Fortress） | 救出珊曼莎后的大战中从敌人身上获得[3] |
| 霰弹枪部件4 | 船难海滩（Shipwreck Beach） | 残料箱内获得 |
| 霰弹枪部件5 | 峭壁碉堡（Cliffside Bunker） | 残料箱内获得 |
| 霰弹枪部件6 | 研究基地（Research Base） | 残料箱内获得 |
升级
以下gif演示来自magitekarmor@Tumblr。
弓升级
- 临时长弓（Makeshift Longbow）：劳拉在剧情中获得的第一件武器。
- 反曲弓（Recurve Bow）：收集两个弓部件之后能够升级到反曲弓。
- 复合弓（Compound Bow）：劳拉在剧情中获得的强力弓，约拿交给她的
神器，获得之后，劳拉能够往岩壁上发射绳索箭，提升了劳拉的穿梭能力。 - 竞赛弓（Competition Bow）：得到三个弓部件之后能够在营地将弓升级到终极的竞赛弓[4]。
除了弓本身的升级外，劳拉在游戏流程中还会陆续获得绳索和打火机，从而制造出绳索箭以及火箭；后续还能够得到绳索攀爬工具以加强绳索箭的拉力。这些辅助工具都是从剧情中获得，并不需要在游戏流程里收集。
还可以进行射程、射速、杀伤力、稳定性等等各方面升级，并且在技能中能够获得终结技。此外，技能中的“闪避反击”、“闪避杀敌”和“精通闪避杀敌”，都是在闪避后通过QTE以箭刺击敌人，从而瘫痪对方或一击必杀。
霰弹枪
以下游戏中的武器名遵照官方中文版的称呼，但大陆则为“霰弹枪”，而非“散弹枪”。
- 战壕散弹枪（Trench Shotgun）：劳拉获得的第一把霰弹枪，为劳拉提供开路的工具，但射程很短。
- 泵动式散弹枪（Pump-Action Shotgun）：收集三件霰弹枪升级部件后获得的武器。
- 战斗散弹枪（Combat Shotgun）：再收集三个霰弹枪部件之后，就能够升级到这把枪。
除了枪械的升级外，还可以进行其他方面的升级，包括射程、射速、杀伤力、稳定性、弹夹容量等等各方面，并且在技能中能够获得终结技。
步枪
- 二战冲锋枪（WWII Submachine Gun）：劳拉在山中基地的一个敌人手里获得的第一把“步枪”，为玩家提供了射速更快的武器。游戏中这把枪是二战时期日军所装备的“百式冲锋枪”。虽然这是一把冲锋枪，但游戏中也是将之归入了步枪（Rifle）这个分类。
- 突击步枪（Assault Rifle）：收集三件步枪升级部件后获得的武器，这把枪是大名鼎鼎的AK47突击步枪。
- 突击步枪（Commando Rifle）：再收集三件步枪升级部件之后，就能够在营地得到这把枪。
除了枪械的升级外，还可以进行射程、射速、杀伤力、稳定性、弹夹容量等等各方面，并且在技能中能够获得终结技。
此外，在剧情中劳拉还能够得到榴弹发射器，并将它与步枪结合，即传统步枪下挂榴弹发射器，有别于古墓丽影系列前几作中出现的榴弹发射器。
手枪
装备升级
整个游戏中，装备的升级仅有一次。
| 物品 | 所在地 | 备注 |
|---|---|---|
| 火把（Torch） | 拾荒者藏身处（Scavenger's Den）
沿岸森林（Coastal Forest） |
游戏一开始就取得一个，但在逃出洞穴时丢失。
后来在剧情中再次获得。 |
| 撬斧（Pry Axe） | 沿岸森林（Coastal Forest） | 在剧情中取得，可用于撬开门和木箱。
但很快就需要升级，之后被攀爬斧取代。 |
| 攀爬斧（Climbing Axe） | 山中村落（Mountain Village） | 在剧情中由船长交给劳拉，之后可在岩壁上攀爬。 |
| 打火石（Fire Striker） | 基地外部（Base Exterior） | 在剧情中取得，之后可使用互动键随时点燃火把。 |
| 绳索（Rope） | 峭壁处的村落
（Cliffside Village） |
在剧情中取得，之后用弓可射出绳索箭拉动物体和敌人。在游戏成就中有一项“过来这里！”，要求玩家将5名敌人从边缘处拉下。 |
| 打火机（Lighter） | 贫民窟（Shanty Town） | 在剧情中取得，之后劳拉获得火箭。 |
| 绳索攀爬工具（Rope Ascender） | 峭壁碉堡
（Cliffside Bunker） |
在坚忍号上打败敌人后获得。可加速在绳索上的攀爬，并在使用绳箭时加大拉力。进入侍女的庙宇的必须品。 |